Berita keselamatan di Wonogiri diterima pertama kali oleh Bapak Karso Semito pada tahun 1916 berkat usaha pekabaran, Injil yang dilakukan Ibu Moedinah dari Yokyakarta di Gemantar Selogiri. Setelah menerima berita keselamatan pada tahun 1916 bapak Karsosemito beserta kerabatnya menerima tanda baptis di GKJ Margoyudan Surakarta yang dilayani oleh DS. DR. HR Van Andel.
Menjelang tahun 1920 warga semakin bertambah dan diadakan pelayanan pembabtisan baru diantaranya bapak Tirtosudarmo alias Sudiman Tirto Sudarmo yang pernah menjadi guru Injil di Tirtomulyo, pada saat itu yang menerima baptis ada 18 orang.
Karena jemaat di daerah Gemantar semakin bertambah akhirnya pada tahun 1925 Gemantar dikukuhkan sebagai Pepanthan dari GKJ Mardoyudan. Pesatnya berita keselamatan yang tumbuh dan berkembang di wilayah kota Wonogiri akhirnya Pepanthan Gemantar menempatkan guru Injil dari Surakarta yang bernama bapak Martorejo di Sanggrahan pada tahun 1927.
Pelayanan penggembalaan di Wonogiri dilanjutkan oleh guru Injil bapak Mitrotanojo yang menempati tempat kediaman bapak Martorejo. Rumah tersebut juga digunakan sebagai tempat kebaktian, hingga dapat mendirikan tempat ibadah yang baru.
Sesuai dengan keputusan Majelis GKJ Mardoyudan Surakarta pada tanggal 27 Oktober 1930 Wonogiri dan Gemantar menjadi gereja dewasa dibawah binaan GKJ Danukusuman.(makalah Pdt. Simon Rachmadi, tentang sejarah gereja Sala dan Refleksi Missiologisny).
GKJ Wonogiri sesuai dengan catatan sinode GKJ di dewasakan pada tanggal27 Oktober 1930 diampu oleh Pendeta Konsulen dari GKJ Margoyudan yaitu DS. DR. HR Van Ande dan DS Van Eyk.
Kebaktian menempati rumah tinggal Bapak Mitratanaja yang kemudian ditempatkan seorang guru Injil bernama Bapak Mitorejo. Oleh karena keberadaan dari GKJ Wonogiri yang dirasakan sudah memerlukan seorang pelayan khusus dan dirasa mampu untuk memanggil seorang Pendeta, maka dipanggilah Guru Injil Mitrotanojo untuk ditahbiskan sebagai Pendeta pertama di GKJ Wonogiri pada 21 Oktober 1937.
Masa kepemimpinan Pdt. Mitrotanojo perkembangan pesat terjadi di kota Wonogiri maka Zending memberikan tanah untuk pengembangan Injil terutama untuk gereja dan rumah pendeta. Memperhatikan perkembangan jemaat di Gemantar yang dirasa semakin menurun, maka dalam perjalanannya GKD (Gereja Kristen Djawa) Gemantar memilih menjadi Pepanthan dari Wonogiri, hal ini terjadi pada sidang Majelis Klasis Surakarta 27-29 Juli 1950 di Margoyudan, dengan putusan gereja Gemantar dijadikan Pepanthan GKJ Wonogiri (lihat kumpulan akta sidang Klasis Surakarta periode 1944-1958, di kantor Klasis Surakarta).
Mengingat kebutuhan jemaat yang makin besar dan adanya masa vakum 2 tahun akibat Bapak Mitrotonojo meninggal dunia 15 April 1956, maka untuk melayani jemaat mendapat bantuan pelayanan dari GKJ Magoyudan pada tahun 1956 hingga tahun 1958.
Jumlah warga pada waktu itu kurang lebih 350 orang akan tetapi untuk mencari orang yang mau menjabat sebagai Majelis Gereja sangat sulit. Pada tahun 1959 ada seorang warga baru bernama Bapak Sihhono seorang pejabat Dinas Pertanian rela membantu pelayanan yang dilakukan oleh Bp. Pdt. Hasto Soemarto ke Pepanthan- Pepanthan : Gemantar Selogiri, Baturetno, Tirtimoyo, Nguntoronadi (betal), Girimarto. Bapak Sihono juga membantu Pekabaran Injil diketuai Bapak Marto Budoyo ke Timang dan Gegeran.
Pada tahun 1964 terjadilah pembiakan Klasis Surakarta menjadi Klasis Surakarta Barat dan Klasis Surakarta Timur. Pada tahun 1964 terbentuk gerakan Pemasyarakatan Injil kerjasama GKJ Wonogiri.
Adapun hasil Gerakan Pemasyuran Injil (GERAPI) ini adalah bahwa kelompok Jatisrono menjadi Pepanthan dan diserahkan ke GKJ Slogohimo, kelompok Nguter menjadi Pepanthan dan diserahkan ke GKJ Wonogiri kelompok Ngadirojo juga diserahkan ke GKJ Wonogiri yang menjadi bakal jemaat GKI Ngadirojo.
Perkembangan selanjutnya dengan penyuluhan agama Kristen di daerah Girimarto dan Sidoharjo dari tahun 1966 s/d 1969 taburan benih Kristus dibaptiskan 477 orang yang berasal dari berbagai desa di wilayah kecamatan Sidoharjo dan Girimarto pada tangal 26 Mei 1969 tempat pembaptisan massal diselenggarakan di Balai Desa Girimarto sekaligus menandai lahirnya komunitas Kristen di daerah tersebut.
Sedangkan yang melayani pembabtisan ada 6 Pendeta yaitu Pdt. Hastosumarto( GKJ Wonogiri), Pdt. Atmorejo (GKJ Sukoharjo), Pdt. Rekseodarmojo (GKJ Margoyudan), Pdt. Edi Trimodo Rumpoko (GKJ Mardoyudan), Pdt. Sei tiang Tjawin (GKJ Wonogiri), Pdt. Benu (Pendeta Angkatan Darat (PKK)). Karena jumlah jemaat pada waktu itu sekitar 3000 orang dengan 16 tempat kebaktian, maka diteguhkan beberapa majelis antara lain Bp. Martobudoyo, Bp. Sriyadi, Bp. Sastro Wiyono, Bp. Atmo Suwarso, Bp. Sastrowardoyo, Bp. Djokaryo, Bp. Brotowiratmojo (merangkap guru injil), Bp. Sudjono Martoyo, Bp. Utomo, Bp. Padmo Miharjo, Bp. J. Subandi, Bp. Siswomartoyo dan Bp. Prawiro Mandor.
Adapun secara lengkap 16 tempat kebaktian pada masa Hastosumarto waktu itu adalah : Wonogiri sebagai induknya, Pepanthan gemantar, Pepanthan Timang, Pepanthan Gegeran, Pepanthan Tandon, Pepanthan Girimarto, Pepanthan Gemawang, Pepanthan Nguntoronadi/Betal, Pepanthan Beji, Pepanthan Baturetno, Pepanthan Giriwoyo, Pepanthan Tirtomoyo, Pepanthan Sumber Agung/Kudi, Pepanthan Giribelah, Pepanthan Sidoharjo, Pepanthan Ture.
Oleh karena dirasakan banyaknya warga yang harus dilayani serta luasnya wilayah yang harus dijangkau, maka pada tahun 1969 majelis membentuk panitia pemanggilan pendeta. Pada tahun ini panitia mulai mencari calon pendeta untuk GKJ Wonogiri sebagai pengganti Bp. Pdt. Hastosumarto yang akan memasuki masa Emiritus. Pada saat itu terpilih calon pendeta Bp. Sujadi Hadinugraha, B.Th yang diangkat menjadi pembantu Gereja sejak 1 Oktober 1971. Awal tahun 1972 Bp. Pdt. Hastosumarto memasuki masa Emiritus. Selanjutnya sebagai pendeta yang ke-3 di GKJ Wonogiri.
Melihat perkembangan GKJ Wonogiri yang semakin maju, maka dalam memberikan pelayanan terhadap jemaat perlu ditingkatkan sehingga tahun 1974 dirintislah pembangunan pastori. Pembangunan Pastori selesai diresmikan pada tanggal 7 Mart 1976.
Sementara itu faktor lain bahwa kehidupan Gereja bagaikan benih yag ditanam, tumbuh berkembang, dipelihara dan berguna bagi lingkungan sekitarnya. Hal ini dibuktikan pada tahun 1977 terbentuknya kelompok Wonokarto, kemudian disusul kelompok Pokoh Kidul.
Kemudian tahun 1995 kelompok Wonokarto menjadi Pepanthan. Selain itu juga muncul perkembangan Pepanthan ataupun kelompok baru. Seperti Pepanthan ataupun kelompok Jatisobo, Pepanthan Simpar dan kelompok Mento.
Pada masa kepemimpinan Pdt. Sujadi Hadinugroho, S.Th. mulai memprogram mengenai perwilayahan GKJ Wonogiri.
Pelayanan wilayah selatan meliputi pepanthan Baturetno, Tirtomoyo, Sumber Agung (Kudi), Kedungrejo (betal), Beji, Giriwoyo, Ture, dan Giribelah, dengan rencana induknya di Baturetno. Berkaitan untuk mengarah menuju kedewasaan wilayah selatan GKJ Wonogiri pada tahun 1980-1981 memanggil Sdr. Yusak Tri Darmanto, S.Th menjadi pembantu Pendeta. Pada akhirnya wilayah Wonogiri selatan melangkah menuju kependewasaan dan ditetapkan sebagai GKJ Baturetno pada tanggal 16 Juli 1983.
Pelayanan wilayah timur meliputi pepanthan Girimarto, Gemawang, Simpar dan Sidoharjo, serta Pasabehan. Dalam memproses pemeliharaan secara intensif pernah mengangkat pembantu pendeta khusus wilayah timur yaitu Sdr. Giyono.
Proses pembinaan, pemeliharaan dan pengedaran dirasakan sudah terlaksana dengan baik akhirnya GKJ wonogiri percaya bahwa wilayah timur sudah menjadi gereja yang dewasa. Maka tahun 1985 dibentuklah apa yang disebut Panitia Perintis Pendewasaan Wilayah Timur (P4WT). Namun dari kebijakan Majelis GKJ Wonogiri mengubah kebijakan dari pendewasaan wilayah timur sebagai prioritas utama, kepada pemanggilan pendeta mendampingi dan mengembalakan gereja-gereja di wilayah timur.
Melalui proses dengan aturan-aturan yang ditetapkan Sinode terpilihlah Bp. Wurihando Handoyo Adi, S.Th sebagai Pendeta GKJ Wonogiri Beliau ditabiskan di Girimarto tanggal 26 Juli 1998 dengan tugas khusus mendampingi persiapan pendewasaan wilayah timur. Setelah mendapat pendampingan secara khusus oleh seorang pendeta, maka diputuskannyalah mengganti nama P4WT menjadi P3WT (Panitia Pendewasaan Wilayah Timur). Karena semangat untuk segera dewasa dan didukung oleh Gereja Induk Wonogiri(GKJ Wonogiri), maka pada bulan Januari 1999 GKJ Wonogiri mengusulkan rencana pendewasaan ini pada sidang khusus Wonogiri ke XVII. Usulan diterima, maka pada tanggal 26 Mei 2000 GKJ Wonogiri akhirnya mendewasakan wilayah timur menjadi GKJ Giri Kinasih. Saat itu pula Pendeta Wurihanto Handoyo Adi, S.Th ditetapkan sebagai Pendeta pertama di GKJ Giri Kinasih.
Pelayanan wilayah Utara meliputi pepantan Wonokarto, Gemantar, Tandon dan Gegeran. Mengingat bentuk pemeliharaan dan pendewasaannya hampir sama dengan yang di wilayah timur, maka yang diprogramkan adalah rencana pemanggilan pendeta bersama dengan rencana pendewasaannya. GKJ Wonogiri wilayah utara memanggil pendeta dengan peraturan sebagaimana mestinya dan pada tanggal 30 Maret 2001 dilaksanakan upacara pendewasaan GKJ Wonogiri wilayah utara dengan nama GKJ Wonogiri Utara. Penahbisan pendeta atas diri Sdri. Nani Minarni, S.Si dengan pepanthan-pepanthannya, maka GKJ Wonogiri masih mempunyai 4 (empat) pepanthan yang belum didewasakan yaitu Pokoh Kidul, Timang, Mento, dan Jatisobo, Jatipura Kabupaten Karanganyar. Karena pendeta Sujadi Hadinugraha, S.Th akan memasuki masa Emiritus pada tahun 2006 maka pada tahun 2003-3004, GKJ Wonogiri membentuk panitia pemanggilan pendeta hanya saja dalam kurun waktu itu proses pemanggilan pendeta belum berhasil.
Kemudian pada pertengahan tahun 2005 dimulai kembali proses pemanggilan dengan membentuk panitia. Dimana pada tahun 2007-2008 calon pendeta telah memasuki masa Vikariat dan rencananya akan ditahbiskan bersama HUT GKJ Wonogiri ke 78, senin 27 Oktober 2008 yaitu Pdt. Sih Prasetyo Yudha Wibowo.S.Th.
Pada masa kepemimpinan Pdt. Sih Prasetyo Yudha Wibowo.S.Th.mulai memprogram mengenai perwilayahan GKJ Wonogiri Pendewasaan pepanthan Eka Kapti. Yang wilayah pelayanannya hanya satu pepanthan di wilayah Wonoboyo, yang rencananya kebaktian peneguhan pendewasaan akan dilaksanakan pada tanggal 24 Juli 2010.
Demikian sekilas gambaran perjalanan GKJ Wonogiri, dengan segala keterbatasan yang ada GKJ Wonogiri dapat menjalankan tugas dan panggilannya ditengah-tengah dunia, sehingga kehadiranya dapat memberikan sesuatu yang bermakna bagi kehidupan masyarakat dan bagi kemuliaan nama Tuhan.
